新疆分院系统包括4个独立法人单位，即新疆分院机关、新疆生态与地理研究所、新疆理化技术研究所、新疆天文台。新疆分院系统研究所、台围绕国家“十三五”规划，中国科学院“创新2020”、“一三五”规划、“率先行动”计划等重大部署，结合新疆实际，不断凝练与提升科技创新目标，形成了十二个特色研究领域和方向：绿洲生态与绿洲农业，荒漠环境与生态修复，干旱区生物多样性，中亚成矿域与地质成矿，中亚自然资源与生态环境；资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境工程与技术；射电天文与技术、光学天文与技术应用、应用天文。
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